Bomberman 3DS possui um modo online e um modo de aventura.

Hudson Entertainment revelou uma nova "Life System", que será apresentado em Bomberman 3DS.  "Os jogadores são capazes de prolongar a vida de seus personagens no campo de batalha, resultando em batalhas épicas Bomberman ou, no caso de newbs, permitindo uma desvantagem." Multiplayer local está confirmado para até quatro jogadores online, juntamente com (e mundial) para multiplayer  até oito jogadores.  Há também um modo de aventura que vai exigir que você "resolver quebra-cabeças, navegue caminhos traiçoeiros, e explodir seus inimigos", tudo ao mesmo tempo usando um conjunto de bombas especiais.  Esta modalidade inclui dois jogadores